Validación del ensamblado del genoma

  • Una alternativa, partiendo de la falta de una biblioteca de EST de yerba mate, es que el draft transcriptoma (Debat et al. 2014b) sea mapeado al assembly, por ejemplo mediante Bowtie 2. De acuerdo a la bibliografía, porcentajes mayores al ~95% de transcriptos mapeados indicarían una fair representativity del genoma ensamblado.
  • La estrategia anterior se complementará con CEGMA, ya que este último está enfocado en genes universalmente expresados, mientras que Bowtie 2 lo está en genes de la propia especie.
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