Predicción e identificación de ARNs no codificantes

  • Predecir tRNAs con tRNAscan-SE. Alternativamente se verificará con Rfam, si se usa Infernal para otros ncRNAs.
  • Identificar rRNAs (e.g. 5s/8s, 16s/18s, 23s/28s ribosomal RNA) con RNAmmer. El mismo se puede complementar con alineamientos de RNA de especies cercanas.
  • Predecir snRNA, snoRNAs y eventuales lncRNAs con NONCODEv4.
  • Para predecir RNAs antisentido se empleará PlantNATsDB, así como UEA y psRNATarget para predicción de novo y de targets.
  • El paquete Infernal puede usar tanto NONCODEv4 como Rfam o miRBase para detectar todo tipo de ncRNAs, incluídos miRNAs. Rfam es la database más grande pero es genérica y miRBase se centra específicamente en microRNAs por lo que pueden complementarse ambos enfoques. Alternativamente, se evaluará PMRD, que integra miRBASE, Rfam y otras databases pero es orientada a plantas.
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