Predicción de genes que codifican proteínas

  • Se combinarán predictores ab initio (Fgenesh++, ProtoMap, GeneID, Genscan y GlimmerHMM) con predictores por homología (Exonerate, Tblastn, Geneid).
  • Luego, se generará un consenso a través de EVidenceModeler y GLEAN.
  • Evaluar plataformas de anotación integrales de trabajo colaborativo en equipo como Web Apollo y plataformas automáticas como la AHRD (Automated Assignment of Human Readable Descriptions).
  • Estudio de splice variants (e.g. GenomeThreader). Existen diversas herramientas para el estudio de splice variants con genoma de referencia, quizás la mas validada sea TopHat que en conjunto con Cufflinks es un excelente estimador de abundancia de transcriptos. Debería considerarse el uso en conjunto con TransDecoder.
  • La anotación funcional de genes se realizará comenzando por las bases de datos Pfam, Tigrfam y Uniprot.
  • Identificar señalización sub-celular de transcriptos en base a péptidos señal con el conjunto de programas de CBS (SignalP, TargetP, LipoP y TMHMM).
  • La reconstrucción de vías metabólicas puede ser optimizada con bibliotecas nuevas con Pathway Tools y AgriGO.
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