Identificación de genes de resistencia a enfermedades

  • En los últimos 20 genomas de plantas, una pequeña sección de los trabajos se centró en la predicción de los genes relacionados a resistencia a enfermedad. Para ello utilizaron diversos approaches pero generalmente fueron basados en la identificación del dominio NB-ARC típico de los genes NBS-LRR que conforman esta especie de receptores/señalizadores. Para sistematizar el proceso se utiliza HMMER contra el dominio Pfam PF00931, y se explora manualmente los ~300 a ~600 resultados promedio.
  • Se puede complementar con BLASTX iterativo de los resultados obtenidos por Hidden Markov Model. Los genes identificados pueden ser analizados a nivel de evolución en la familia con la plataforma CAFE.
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