Detección de SNPs

  • Como primera opción se utilizará Genome Analysis Toolkit (GATK, módulo Haplotype Caller), que tiene gran capacidad en la predicción de SNPs en base a alignments files.
  • Si bienSOAPsnp está orientado a re-sequencing puede ser aplicado en base a su modelo bayesiando a la identificación de SNPs. Una estimación inicial de SNPs con los primeros datos de secuenciación puede ser útil para aproximar a una medida de la heterozigocidad del genoma. Cortex_var o SAMtools pueden ser otras alternativas. En cualquier caso, es necesaria una buena cobertura (mayor a 30x).
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