El consorcio funcionará con una Coordinación General y sub-coordinaciones según el esquema a continuación:

 

La función de la Coordinación General será articular el trabajo de los diferentes actores en busca del cumplimiento de los objetivos planteados y velar por el cumplimiento del espíritu del proyecto, permitiendo el uso de la información generada a todos los actores sociales involucrados y favoreciendo la capitalización de los mismos por los productores yerbateros, y por la sociedad toda.

La función de cada coordinación de área será articular las líneas que surjan como consecuencia del uso del genoma, siempre con la mirada en la meta general del proyecto.